Apolipoprotein E (apo E) spelar en nyckelroll i lipidmetabolismen genom att mediera växelverkan mellan lipoproteiner och deras receptorer. Proteinet förekommer i tre större isoformer (E2, E3, E4) på grund av två polymera platser (C versus T vid codons 112 och 158) i E genen på kromosom 19q13.2. Det finns starka bevis för att de olika formerna av apo E har en kausativ roll både för kardiovaskulär sjukdom (CVD) och Alzheimer´s sjukdom (AD).

I jämförelse med den vanligaste varianten apo E3 (~ 77%), asocieras isoform apo E2 (~ 8%) vanligen med lägre och isoform apo E4 (~ 15%) med förhöjda nivåer totalt och LDL kolesterol i serum. Det har föreslagits att upp till 10% av den fenotypiska variationen för nivån av serumkolesterol bidrar till Apo E. Isoform apo E4 har beskrivits som riskfaktor för ateroscleros och prematur koronar och perifer vaskulär sjukdom. Homozygositet för apo E2 har å andra sidan verkar predisponera individer för typ III hyperlipoproteinemi. Isoform apo E4 är även en väletablerad riskfaktor för sent debuterande familjära och sporadiska former av AD. Isoform E2 är däremot underrepresenterad bland patienter med AD och verkar ge skydd mot sjukdomen.